Für Wissenschaftler, wie den Begründer der klassischen Mechanik Isaac Newton, war der Kosmos ein klarer Hinweis auf die Weisheit Gottes. Wie aber konnte es zum Siegeszug des Atheismus gerade in den Naturwissenschaften kommen?
Die beachtlichen wissenschaftlichen Erfolge im Bereich der unbelebten Natur übten eine starke Anziehungskraft auf jene Disziplinen aus, die sich mit dem Leben beschäftigen (z. B. Biologie, Physiologie). Durch die erzielten Fortschritte in der Physik meinte man, auch das Leben sollte und könnte in gleicher Weise auf ausschließlich mechanistische Art erklärt werden. Mitte des 19. Jahrhunderts kam es dadurch zu einer Blüte des Materialismus, der annimmt, alle Ursachen und Wirkungen in den lebenden Systemen seien ausschließlich physikalische Erscheinungen. Nach Hermann von Helmholtz (1821–1894) sei das »Endziel der Naturwissenschaften … alles in Mechanik aufzulösen«. Diese Forderung wurde von vielen Biologen seiner Zeit aufgegriffen. Ernst Haeckel (1834–1919) forderte, die Wissenschaft von den Organismen »durch mechanisch-kausale Begründung« auf das Niveau der anorganischen Wissenschaften zu heben.
So wurden in den Lebenswissenschaften schon sehr früh falsche wissenschaftliche Weichen gestellt. Nicht-Materielles gab es definitionsgemäß nicht. Kein Wunder, dass sich materialistische Ideologien (wie z. B. Nationalsozialismus und die verschiedenen Ausprägungen des Kommunismus) bilden konnten.
Schließlich versuchte Charles Darwin (1809–1882), die Herkunft der Lebewesen auf ein rein mechanisch wirksames Prinzip zurückzuführen (natürliche Auslese), und unterstützte damit den materialistischen Ansatz der Biologie. Werner Gitt